Soja transgeniczna to odmiany genetycznie modyfikowanej soi otrzymane przy pomocy inżynierii genetycznej. Najpowszechniej uprawianą odmianą w roku 2010 była soja odporna na działanie herbicydu, którego składnikiem czynnym jest glifosat. Wykorzystano w niej gen enzymu z agrobakterii, uodporniające ją na działanie glifosatu.
Import jak i wykorzystywanie soi genetycznie modyfikowanej dozwolone jest w większości krajów świata. Inaczej jest z siewem i uprawą, które już nie są wszędzie dozwolone. W Rosji uprawa soi transgenicznej jest zabroniona, podobnie jak innych roślin genetycznie zmodyfikowanych.
Transgeniczna soja jest pierwszym produktem z genetycznie modyfikowanych źródeł, który otrzymał „prawa obywatelskie” w Rosji. W 1999 roku Giennadij Oniszczenko – główny państwowy lekarz sanitarny Rosji – wydał transgenicznej soi świadectwo rejestracji „numer jeden”. W 2002 r. na terenie Rosji obowiązuje nakaz informowania o zawartości genetycznie modyfikowanej soi w składzie produktów żywnościowych, jeżeli jego zawartość przekracza 5%.
Większość upraw soi modyfikowanej genetycznie na świecie idzie na produkcję oleju roślinnego, а także paszy dla bydła i drobiu. W ostatnich latach coraz większą popularność ma wykorzystanie soi do otrzymania biodiesla.